Trong lớp học đầy nắng, Kazaoka Ki nhìn chằm chằm vào bức tranh treo trên bảng. Một vụ án ly kỳ đang khiến cả trường xôn xao: thầy giáo bí ẩn đã mất tích trong thư viện của trường một cách đầy đáng ngờ. Nhanh chóng, bộ não vi phân tử trong đầu Ki đã được kích hoạt. Hắn bắt đầu suy luận từng bước nhỏ, phân tích các manh mối và tạo ra những đường nối tưởng chừng không liên quan. Trí óc của hắn như một máy tính hoạt động tối tân, từng chi tiết nhỏ nhặt được gắn kết lại với nhau để tạo nên một bức tranh toàn cảnh. Đến khi ánh sáng chiếu rọi vào bí mật đen tối, bí ẩn cuối cùng cũng được giải mã, vạch trần một âm mưu hoành hành trong bóng tối của trường học. Kazaoka Ki cười khúc khích, đánh bại mọi khó khăn, và nhiệm vụ mới lại đang chờ đợi.