Trên mái nhà nhỏ của Naoto, bão gió cuốn cuốn, trời âm u vài vệt sáng giữa đám mây màu đen. Bất ngờ, một cảm giác lạ lẫm tràn ngập cậu khi một cô gái máy mắc phải khẩn cấp giữa trời đổ mưa đổ lở. Đôi mắt cô lạnh lùng như kim cương nhưng chứa đựng một nỗi buồn nào đó. Naoto đã từng thấy nhiều máy móc, nhưng chưa bao giờ cậu gặp phải một người mô phỏng cảm xúc đến vậy.
RyuZU, Clockwork Maiden - hình bóng kiêu ngạo, bí ẩn và mạnh mẽ đến từ một thế giới xa lạ. Khoảnh khắc gặp gỡ giữa Naoto và cô là sự giao thoa của hai thế giới: con người và máy móc. Sợi dây tơ hồng của định mệnh đã kết nối họ lại với nhau, vượt qua ranh giới của thời gian và không gian.
Trái tim Naoto đập rộn ràng, gió đêm thổi qua như muốn kể lên một câu chuyện thần tiên. Liệu sự xuất hiện của RyuZU có phải là dấu hiệu của một bi kịch hay là bắt đầu của một cuộc phiêu lưu huyền bí chưa từng có? Họ sẽ dẫn dắt nhau qua bao nhiêu thử thách, khám phá bí mật của vũ trụ và tìm thấy những điều kỳ diệu nằm sau vẻ ngoài lạnh lùng của cô gái máy? Đó chính là câu chuyện đầy kỳ diệu và không ngừng chuyển động của Clockwork Planet.