Truyện tranh "Kokoro Kikai" bắt đầu với Shinobu, một học sinh trung học bình thường, nhưng đầy nỗi băn khoăn về ý nghĩa của cuộc sống. Mỗi ngày trôi qua giống nhau, khiến cậu ngày càng chìm vào cảm giác lạc lõng và hao hết cảm xúc.
Một buổi sáng, trong một lớp học tẻ nhạt, Shinobu nhặt được một tờ giấy mà ai đó để lại. Trên đó, dòng chữ ghi ngắn gọn: "Am I really alive?". Bỗng nhiên, cảm giác sự chấn động lan tỏa trong tâm hồn Shinobu. Cậu bắt đầu tìm kiếm câu trả lời cho câu hỏi đó, dấy lên trong lòng mình những sóng gió chưa từng có.
Dần dần, Shinobu nhận ra rằng, việc tìm kiếm ý nghĩa của cuộc sống không phải lúc nào cũng dễ dàng. Nhưng trong quá trình đó, cậu đã khám phá ra nhiều điều thú vị về bản thân và cuộc sống. Và khi cậu lần lượt giải đáp những bí ẩn của câu hỏi ấy, đám mây trong tâm hồn Shinobu dần tan đi, để lại ánh nắng ấm áp của sự tự chấp nhận và yêu thương.