Trải qua bao ngày lang thang khắp vùng đất cổ xưa, Tohma Avenir không thể ngờ rằng, một bí mật kinh hoàng đang chờ đợi anh ở phía trước. Trong một ngôi đền bí ẩn, anh tìm thấy Liky Strosek - một cô gái mặc trang phục cổ xưa, bị giam cầm trong vòng xoáy thời gian. Cứu giúp cô, Tohma không ngờ rằng họ sẽ trở thành đồng minh chống lại sức mạnh đen tối của Cuốn Sách Silver Coross.
Nhưng tất cả không phải là trò chơi. Đối diện với một cuộc điều tra kỳ bí của Cục Quản lý Không Gian và Thời Gian, Tohma và Liky dần bị vướng vào một vòng xoáy mà họ không thể thoát ra. Những biến cố đe dọa tới cả thế giới, và họ phải đối diện với quyết định khó khăn: hy sinh bản thân để cứu lấy mọi người, hay chấp nhận thất bại và buông tay khỏi hy vọng?
Hậu quả của cuộc chiến, sự đau khổ của từng quyết định và cái kết không ai dám nghĩ đến sẽ dần hé mở, khi những bí mật đen tối từ quá khứ bắt đầu được phơi bày, khiến Tohma và Liky đối diện với những thử thách chưa từng có trong cuộc đời mình.