Trong truyện tranh Muni-Kiss, câu chuyện xoay quanh cuộc sống của cô gái trẻ Muni, một nhân viên văn phòng bình thường với một bí mật tinh vi - cô có thể nhìn thấy màu sắc của cảm xúc. Mỗi ngày, Muni chứng kiến biết bao nhiêu cảm xúc đan xen: từ niềm vui, nỗi buồn, sự hài lòng cho đến sự thất vọng. Thế nhưng, có một ngày, Muni phát hiện một cảm xúc lạ lẫm, mạnh mẽ và không thể giải thích được - một tình yêu chưa từng trải qua.
Muni tìm kiếm nguồn gốc của tình yêu đặc biệt này và cô nhận ra rằng, người gây ra nó chính là đồng nghiệp của mình, Kaito - một chàng trai lạnh lùng, khó hiểu nhưng mang trong mình một trái tim ấm áp và sâu lắng. Thấu hiểu ý nghĩa thực sự của tình yêu, Muni quyết định theo đuổi cảm xúc này mặc cho những khó khăn và trở ngại phía trước.
Dần dần, Muni và Kaito trải qua bao nhiêu thử thách, gian nan để cuối cùng nhận ra rằng tình yêu không ngừng biến đổi, không ngừng thay đổi, và chính điều đó khiến cho nó trở nên đẹp đẽ và ý nghĩa hơn bao giờ hết. Muni-Kiss không chỉ đơn thuần là câu chuyện tình yêu của hai con người, mà còn là hành trình khám phá bản thân, khám phá ý nghĩa thực sự của tình yêu và cảm xúc.