Khi ánh nắng bắt đầu chiếu sáng khắp biển cả, cậu bé nhỏ Takumi lại lặng lẽ ngồi trên bờ biển nhìn ra xa. Đôi mắt nhìn chăm chú vào những ngọn sóng biếc, thẳng tắp như những chiếc lính hải quân tinh nhuệ. Và rồi, một cơn gió bất ngờ thổi qua, đưa đến một khối giấy xiêu vẹo trước mặt cậu. Khóe miệng Takumi nhếch lên, nhìn chằm chằm vào giấy, đây là một tàu chiến - một hạm đội sống động như thể được tạo nên từ trí tưởng tượng của cậu. Tưởng chừng chỉ là con thuyền giấy vụn, nhưng nó bỗng cười, và từng viên bi cảm xúc: sợ hãi, tò mò, hoan hỉ, tràn ngập không gian lặng lẽ xung quanh. Cuộc gặp gỡ định mệnh giữa cậu bé và hạm đội biển sâu bắt đầu từ đây, và cuộc phiêu lưu của Takumi cùng những đồng đội bí ẩn chưa từng có sẽ hé lộ những bí ẩn của biển sâu kỳ bí.