Truyện tranh "Phantom Seer" xoay quanh cuộc hành trình của cậu thanh niên tên là Kaito, người được biết đến như một người linh cảm có khả năng nhìn thấy những linh hồn đáng sợ mà người khác không thể nhìn thấy. Một ngày nọ, khi đang lang thang trên con đường vắng vẻ, Kaito bắt gặp một cô gái trẻ đang chạy trốn khỏi một linh quái với hình dáng vô cùng đáng sợ. Không ngần ngại, Kaito lao vào chiến đấu với linh quái đó, sử dụng sức mạnh linh cảm của mình để đánh bại nó.
Sau khi tự mình đánh bại linh quái, Kaito nhận ra rằng cô gái kia chính là Ruri, một người săn linh quái chuyên nghiệp. Ruri tiết lộ cho Kaito rằng cô đang tìm kiếm một linh quái cực kỳ nguy hiểm mà cô tin rằng Kaito có thể giúp cô đánh bại. Hai người quyết định hợp tác để săn bắt linh quái đó, nhưng họ không ngờ rằng sự thật đằng sau linh quái đó lại hết sức bất ngờ và đau lòng.
Kaito và Ruri dần khám phá ra những bí mật kinh hoàng về thế giới linh quái mà họ đang sống, cùng với những đau thương, đau khổ mà linh quái gây ra cho con người. Liệu hai người có thể đối mặt với thử thách khó khăn này và bảo vệ thế giới của mình khỏi sự tàn bạo của linh quái hay không? Đó chính là câu hỏi mà bộ truyện "Phantom Seer" đầy kịch tính và hấp dẫn này sẽ dần hé lộ qua từng trang truyện.