Trong chuyến phiêu lưu mới, nhóm Ninja Rùa đã vô tình bị cuốn vào một cơn lốc thời gian kỳ lạ. Họ bị kéo về quá khứ, thế giới cổ đại nơi mà những thách thức không chỉ là các kẻ thù mạnh mẽ, mà còn là sự thách thức với tâm lý của chính mình.
Leo, vị lãnh đạo kiên cường, phải đối mặt với quá khứ đau buồn và những quyết định khó khăn mà anh phải đưa ra để bảo vệ đồng đội. Raph, hot-headed nhưng luôn sẵn sàng bảo vệ người thân, phải đối diện với một cuộc thử thách đòi hỏi anh phải kiểm soát cơn giận của mình. Donnie và Mikey, hai người bạn đồng hành đáng tin cậy, phải tìm cách hoà nhập với môi trường mới và chứng minh giá trị của mình.
Khi thời gian trôi qua, nhóm Ninja Rùa không chỉ học được về sức mạnh của tình đoàn kết và tình bạn, mà còn về sự quan trọng của việc nhìn nhận và chấp nhận quá khứ để có thể bước vào tương lai mạnh mẽ hơn. Người bạn mới sẽ xuất hiện, những kẻ thù mạnh mẽ hơn sẽ đối đầu, và với sức mạnh của tình bạn và sự hiểu biết, họ sẽ vượt qua mọi thử thách và trở về hiện tại với những bài học quý giá từ quá khứ.