Trong một tương lai xa xôi, thế giới bị đe dọa bởi một loại virus ngoại hành lạ mang tên "Xenosaga". Để ngăn chặn sự lây lan của virus, tổ chức độc lập Intercept Team đã được thành lập. Trong đội ngũ này, có một cô gái trẻ tên Rei, vốn là một cựu binh tinh nhuệ với kí ức bị mất tích về quá khứ đau buồn. Rei với sức mạnh kiểm soát một loại Mecha đặc biệt, đã dấn thân vào những trận chiến gay cấn chống lại các hành tinh xâm lược.
Trên đường hành trình, Rei phát hiện ra những bí mật kinh hoàng từ sau lớp vỏ của Intercept Team, cùng với một âm mưu đen tối đang âm thầm diễn ra. Để bảo vệ những người xung quanh và tìm lại kí ức đã mất, Rei phải đương đầu với những thử thách khắc nghiệt, đồng thời đấu tranh để tìm ra bí mật đằng sau loại virus đáng sợ ấy. Liệu Rei có thể vượt qua tất cả để cứu vãn thế giới, hay số phận của cô sẽ đi vào bóng tối mãi mãi?